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Modele base hdv 10

Des réactions d`auto-clivage à réaction rapide pour le ribozyme − 30/99 sont effectuées en présence d`un oligonucléotide antisens complémentaire de NT − 30 à − 7, dénommé “AS (− 30/− 7)”. La base-appariement de AS (− 30/− 7) à la ribozyme perturbe Alt 1, ce qui facilite le pliage de la ribozyme à l`état natif (Chadalavada et al. 2000). Pour imiter ces conditions de façon computationelle, nous avons plié des séquences additionnelles ne contenant que NT − 6 à 99 (Fig. 3, plis D – H). Les données de ribozyme A + • C ont été initialement adaptées à l`aide du logarithme de l`équation 2b (non illustré). En Mg2 + 1 mM, les valeurs χ2 pour le ribozyme A + • C ont été 0,084 et 0,037 pour l`équation 2b et l`équation 4b, respectivement, soutenant l`équation 4b et le schéma 3. Dans le Mg2 + 10 mM, les valeurs χ2 pour le ribozyme A + • C ont été 0,26 et 0,018 pour l`équation 2b et l`équation 4b, ce qui donne un soutien encore plus fort à l`équation 4b et au schéma 3. De plus, les tentatives d`ajustement des données de ribozyme A + • C (à 1 mM et 10 mM de Mg2 +) à l`aide de l`équation 2b ont entraîné des résidus répartis sinusoïquement, tandis que l`équation 4b a entraîné des résidus distribués aléatoirement. Sur la base de ces observations, les données de ribozyme A + • C sont mieux décrites par le schéma 3 par rapport au schéma 1.

En outre, l`équation 3 du schéma 2 ne correspond pas bien aux données, car elle donne une courbe en forme de cloche. Les plis sont prévus pour les ribozymes (tous avec G11C) à l`aide de l`algorithme ILM (Ruan et al., 2004a, b). (A) représentation de la structure primaire des appariements prévus. Les positions 1 et 37 sont affichées en italiques et sont mises en surbrillance avec une barre verticale grise. Les régions de base appariées sont soulignées, les brins 5 ′ et 3 ′ étant notés. «A» est le pli natif de la séquence de type sauvage − 30/99. Notez que la séquence inclut la mutation G11C, mais montre le couplage P2 de type sauvage. “B” est le pli pour le ribozyme − 30/99, prédit avec G • U ou A-U à BP 1. «C» est le pli du ribozyme − 30/99, prédit avec le G-C à BP 1. «D» est le pli pour le ribozyme − 6/99, prédit avec G • U, A-U ou G-C à BP 1. «E» est le pli pour le ribozyme − 6/99, prédit avec A + • C à BP 1. “F” est le pli pour le ribozyme − 6/99, prédit avec UG ou CG à BP 1.

“G” est le pli pour le ribozyme − 6/99, prédit avec l`UA à BP 1. “H” est le pli pour le ribozyme − 6/99, prédit avec CA à BP 1. Les appariements alternatifs décrits précédemment sont signalés par la numérotation (par exemple, Alt 1), tandis que les nouveaux appariements alternatifs sont signalés par le lettrage (par exemple, Alt A). Dans certains des plis, “R” et “Y” sont utilisés pour désigner la purine et la pyrimidine. (B) représentation de la structure secondaire représentative des appariements prévus.